Jourová byla v říjnu 2006 obviněna z přijímání úplatku a strávila asi měsíc ve vazbě. Její stíhání bylo ale v létě 2008 zastaveno. V prosinci 2008 pak oznámila, že bude chtít po státu zhruba 3,5 milionu korun jako náhradu ušlé mzdy a nákladů.
"Po prostudování spisu paní Jourové v souvislosti s žádostí o odškodnění byl zaslán právnímu zástupci paní Jourové dopis, jímž MSp uznává nárok žadatelky na náhradu škody ve výši 138 593 korun," sdělila iDNES.cz mluvčí ministerstva Jitka Zinke. Peníze ale zatím nebyly Jourové vyplaceny.
Nárok na peněžitou satisfakci za nemajetkovou újmu ministerstvo odmítlo, protože prý již byl promlčen. Jourová v prosinci 2008 uvedla, že kvůli svému zadržení jí byly zrušeny dvě pracovní smlouvy, které jí měly přinést 2,9 milionu korun. Na zbylých zhruba 600 tisíc korun pak vyčíslila náklady, které prý zaplatila v souvislosti s kauzou, například za advokáta.
Policie v minulosti vinila Jourovou z toho, že přijala od starosty Budišova Ladislava Péti dvoumilionový úplatek za to, že prosadí přiznání dotace z evropských fondů na opravu budišovského zámku. V létě 2008 však Obvodní státní zastupitelství pro Prahu 9 její stíhání zastavilo s tím, že se skutek, pro který byla obviněna, nestal. Rozhodnutí pak potvrdilo i Nejvyšší státní zastupitelství.
Na počátku byla kauza Budišov
V kauze Budišov vedle Jourové a Péti figurovali i bývalý poradce sociálnědemokratických premiérů Zdeněk Doležel a úředník ministerstva zemědělství Miloslav Řehulka. Péťa, Doležel a Řehulka byli původně podezřelí z toho, že nadhodnotili cenu rekonstrukce zámku v Budišově tak, aby si mohli rozdělit zhruba 30 milionů korun.
Ministerstvo pro místní rozvoj však v květnu 2007 uvedlo, že auditorská firma v projektové dokumentaci neshledala žádnou chybu, úmysl nebo manipulaci. V projektu prý nebylo nic proplaceno. Projekt podle dřívějšího vyjádření prakticky skončil dřív, než začal, protože v roce 2006 upozornil architekt Marek Řičář na údajnou manipulaci s dotacemi EU.
Žalobci pak poslali Péťu, Doležela a Řehulku k soudu kvůli údajnému vydírání Řičáře. Péťa se však procesu nedožil. Podle obžaloby se skupina dopustila vydírání tím, že požadovala po Řičářovi vydání účetnictví společnosti Bono Publico, jejímž prostřednictvím měla být získána dotace na opravu zámku v Budišově. Soud dvojici obžaloby zprostil.
Na lavici obžalovaných má naopak usednout Řičář, s dalšími lidmi čelí obvinění z dotačního podvodu za víc než 15 milionů korun. O údajně neoprávněně vyplacené dotaci ve výši 15,5 milionu korun v souvislosti s Řičářem mluvila Jourová již v prosinci 2008.
