Komárek vystudoval marxisticko-leninskou filozofii a politickou ekonomii na Univerzitě Karlově. V roce 1985 nastoupil do Mladé fronty, později MF DNES.
Komentoval vnitropolitické dění, psal portréty osobností a pravidelné satirické fejetony, které vyšly v několika knižních sbírkách. Spolu s Denisem Vereckým vymyslel rubriku Objev pro Magazín DNES.
Kromě toho působil i jako vedoucí kurzu tvůrčího psaní na Fakultě sociálních věd Univerzity Karlovy a oboru Média a komunikace na univerzitě CERGE. Spolupracoval s Českým rozhlasem na pravidelných poznámkách Radiožurnálu a s Českou televizí na moderování pořadu Před půlnocí.
Své rozhodnutí vstoupit do politiky Komárek komentoval tak, že "má sen, že dokážeme politiku zlidštit, zeslušnit a že budeme méně krást".
Jeho otcem byl prognostik a politik Valtr Komárek, který zemřel v květnu 2013. Komárek starší po válce vstoupil do KSČ, za normalizace v ní zůstal, patřil k osobnostem Listopadu 1989, po němž se stal vicepremiérem. Byl čestným předsedou ČSSD. Právě pod vlivem svého otce vstoupil za minulého režimu do KSČ i Martin; svůj krok později vysvětlil svou naivitou a tvrdil, že i jako komunista se stýkal s disidenty.
Martin Komárek je rozvedený a má pět dětí. Náboženským vyznáním je katolík, v politickém měřítku se považuje za "čistého liberála".
