V roce 2013 jej vyšetřovatelé podezírali z podílu na trestné činnosti v souvislosti s velkým červnovým zatýkáním. Právě kvůli jeho kontaktům na pražském vrchním státním zastupitelství byl případ z Prahy přesunut do Olomouce. V rámci rozsáhlé razie policisté ve čtvrtek 13. června prohledali i Grygárkův dům. Ten však obviněn nebyl.
Jméno někdejšího náměstka pražského vrchního státního zastupitelství (ve funkci skončil v červnu 2012) spojila v roce 2011 média s kontroverzním lobbistou Romanem Janouškem, s nímž údajně jednal v době, kdy zastupitelství řešilo pět případů vztahujících se k Janouškovi. Stanislav Mečl, který dočasně vedl pražské vrchní státní zastupitelství, vyzval Grygárka kvůli těmto kontaktům k rezignaci. Vyčítal mu i pochybení v kauzách, například v případu Mostecké uhelné společnosti. Bývalý ministr spravedlnosti Jiří Pospíšil (ODS) na něj kvůli tomuto případu podal i kárnou žalobu.
Grygárek figuroval také v kauze tzv. justiční mafie. V prosinci 2007 jej tehdejší stínová ministryně spravedlnosti ČSSD Marie Benešová při komentování kauzy Jiřího Čunka jmenovala mezi lidmi, kteří se údajně snažili ovládnout justici, aby sloužila vládní garnituře.
Současný advokát je bývalým členem KSČ.
