Sobota 11. července 2020, svátek má Olga
  • schránka
  • Přihlásit Můj účet
  • Sobota 11. července 2020 Olga

USA i Evropa se šíření koronaviru v lednu ubránily. Pak přišel podruhé

aktualizováno 
Analýza malých genetických změn viru SARS-CoV-2 ze Spojených států i Evropy ukazují, jak se během prvního měsíce letošního roku dokázaly oba kontinenty první vlně přicházejícího viru ubránit. I když si tehdy vědci mysleli opak.

Kontroly na letišti Václava Havla v Praze v dubnu 2020 | foto: Michal ŠulaMAFRA

Čínský Wu-chan je od zbytku světa vzdálený jen pár hodin letu. Bylo tedy nevyhnutelné, že se brzy po začátku epidemie začal virus SARS-CoV-2 šířit do dalších zemí.

Ve Spojených státech amerických se první případ objevil již 15. ledna. Tehdy ve státě Washington přistál nejmenovaný čínský občan označovaný pouze jako WA1, přiletěl z Wu-chanu. Objevil se u něj zápal plic, a protože měl styk s rizikovou oblastí, byl WA1 otestován na přítomnost nového koronaviru (který tehdy ještě neměl ani označení SARS-Cov-2). Epidemiologové tehdy trasovali všechny kontakty nemocného a dospěli k názoru, že šíření viru se podařilo s největší pravděpodobností zabránit.

Evropa na tom byla podobně. Dne 20. ledna přiletěla ze Šanghaje zaměstnankyně dodavatelské firmy pro autoprůmysl, kterou krátce před odletem navštívili její rodiče z Wu-chanu (opatření proti pohybu lidí byla ve městě zavedena 23. ledna). Ta trpěla „rýmou“ (smrkala, brala běžné léky bez předpisu) a její příběh vedl k prvnímu prokázanému případu nákazy mezi dvěma „cizími“ (nepříbuznými) lidmi mimo čínské území. Celkem došlo k prokázanému nakažení 16 lidí. 

Co bylo dále?

V obou případech si byli hygienici poměrně jistí, že se jim podařilo všechny kontakty včas zachytit a šíření viru v nové lokalitě zastavit. Stoprocentní jistotu ovšem nikdy mít nelze, a tak se celkem logicky objevily otázky, zda se opravdu virus od těchto prvních pacientů nešířil dále.

Týkalo se to Evropy, ale především USA. Tam molekulární genetik Trevor Bedford zveřejnil 29. února hojně citovanou analýzu porovnávající genetickou informaci (genom) viru z pacienta WA1 s virem z pacienta označovaného jako WA2 (tedy z druhého pacienta s prokázanou nákazou ve státě Washington). Druhý vzorek viru pocházel z 24. února, a pacient WA2 se prokazatelně nakazil přímo v USA, v Číně nebyl. Nepřišel do styku ani s nikým, kdo do této země cestoval.

Koronavirus ve světě

Muž v roušce odpočívá na pláži v Kolombu, hlavním městě Srí Lanky. (28. května...
Návštěvník prochází před obrazem francouzského malíře Georgese de La Toura ve...
Zdravotníci demonstrují v pařížské nemocnici Robert Debre. Snaží se prosadit...

Viry v těle obou pacientů si z genetického hlediska byly dosti podobné. Bedford s kolegy dospěli při jejich porovnání k závěru, že jde s velmi vysokou pravděpodobností (přes 95 procent) o viry z jedné jediné linie. Jinak řečeno, že virus z pacienta WA1 nějak unikl pozornosti epidemiologů a celé týdny se skrytě šířil Washingtonem.

Z reakcí představitelů státu Washington se zdá, že informace přispěla k tomu, aby tento americký stát ještě zintenzivnil snahu v boji s nákazou. Vždyť se zdálo pravděpodobné, že ve Washingtonu probíhá již několik týdnů neviditelná epidemie a počty nakažených mohou být opravdu vysoké. Washington skutečně na tom nebyl nejlépe, nákaza pronikla do několika domovů pro seniory a celkový počet lidí, kteří zemřeli s prokázanou nákazou virem SARS-CoV-2, je přes 1 100 (neznamená to, že všichni zemřeli kvůli nákaze virem, na takový údaj je brzy a téměř určitě to nikdy nebudeme vědět zcela přesně).

V Evropě byla v jistém ohledu situace podobná. I v tomto případě se i ve vědecké literatuře objevily názory, že virus se v Německu nepodařilo zastavit, a ten se dostal přes Alpy do Itálie. Bylo to znovu dáno především tím, že kmen, který se tak rozšířil v Lombardii, tzv. linie B.1, se od vzorků získaných z německých pacientů lišil jen málo.

Z obou případů by se mohl zdát, že šíření viru je nezastavitelné a virus se dokáže šířit navzdory nejlepší snaze hygieniků a epidemiologů. Ale to je chyba, tvrdí nová analýza provedená odborníky z několika amerických i evropských univerzit, která se podívala na vzorky viru z Německa i USA novýma očima a vyzbrojena novějšími poznatky. (Zatím je dostupná jako tzv. preprint na serveru BiorXiv.org, prvním autorem je Michael Worobey z Arizonské univerzity.)

Chyba se vloudí

Autoři analýzy dnes již mají původní vzorky s čím srovnávat: dnes už máme k porovnání kompletní genetickou informaci více než 25 tisíc vzorků viru SARS-CoV-2 z různých míst po celém světě. Včetně samozřejmě USA a Itálie.

Porovnání není jednoduché. Je založené na simulacích, které se pokoušejí doplnit „prázdná místa“ v historii šíření viru. Jinak řečeno, zjišťují, jaké jsou možné cesty z bodu A (prvních případů viru) k bodu B (vzorkům z doby pozdější). Zda je pravděpodobné, že jde skutečně o přímé „následovníky“, tedy viry, které pocházejí z jedné vývojové linie. Nebo spíše viry, které přišly z ohniska nákazy separátně a vyvíjely se v Evropě a v USA zvláště.

Analýzu komplikuje především nedostatek údajů: vzorky viru se neodebírají a neanalyzují od každého pacienta, a tyto mezery se zaplňují zpětně jen těžko. Prokázaných případů nákazy jsou miliony (nemluvě o těch neprokázaných), přečtených vzorků řádově desítky tisíc.

Jistou roli hraje i to, že SARS-CoV-2 je poměrně stabilní. Nemutuje nijak extrémně rychle (názor Soni Pekové, podle níž se tento virus mění velmi rychle, je ve světovém měřítku ojedinělý a ve vědecké literatuře pro toto tvrzení nelze najít oporu). Celý virus má zhruba 30 tisíc „písmen“ genetického kódu (správně bází).

Na základě analýzy odebraných vzorků z celého světa se dnes uvádí (viz například projekt Nextstrain), že u viru SARS-CoV-2 se během jednoho roku změní jedno z tisíce „písmen“ jeho RNA. U chřipky je tempo změny zhruba dvě z tisíce bází za rok, u viru HIV čtyři z tisíce. I proto mohou být rozdíly v genetickém kódu malé i u virů z různých částí světa. (Na druhou stranu z hlediska vývoje vakcíny je pomalé tempo změn dobrá zpráva.)

Malý úspěch před velkou katastrofou

I s vědomím toho, že údaje, a tedy ani výsledky nejsou zcela stoprocentně jisté, autoři odhadují, že ve skutečnosti byly bavorský i washingtonský případ nejspíše ukázkou úspěšného zásahu hygieniků a epidemiologů. Pro ně typické genetické varianty se v dalších vzorcích objevují jen sporadicky či vůbec (ty sporadicky se objevující mohly snadno vzniknout přirozeně, ale pokud by šlo o přímé „potomky“, objevovaly by se patrně častěji). Není to zcela jisté, ale zdá se, že Evropa i USA se v prvních případech viru skutečně dokázaly ubránit, a dokázaly jeho šíření zastavit.

Síť ovšem nebyla tak hustá, aby jí nakonec někdo neproklouzl. V případě evropském nejspíše došlo k šíření viru do Itálie přímo z Wu-chanu. To naznačují jak šetření epidemiologická (tedy trasování pohybu lidí), tak i genetická analýza. „Lombardský“ virus B.1 je podle nich zřejmě „potomek“ viru kolujícího v Číně, který se do Itálie dostal někdy mezi 31. lednem a 14. únorem. Brzy poté (někdy mezi 14. a 26. únorem) se pak z Evropy dostal do New Yorku.

Pokus o rekonstrukci vstupu viru SARS-CoV-2 v Evropě podle článku Michaela...

Pokus o rekonstrukci vstupu viru SARS-CoV-2 v Evropě podle článku Michaela Worobeye a kolegů. Vlevo dole je (zeleně) malá „epizoda“ vstupu do Bavorska, který se povedlo zastavit (odtamtud pochází vzorek genomu viru známý jako BavPat1). Pak se někdy mezi 7. a 14. únorem virus dostal podle nich do Itálie a odsud se pak šířil i do jiných států Evropy. A velmi brzy z Itálie zamířil i do New Yorku (modrá oblast vpravo nahoře).

V únoru už zároveň virus zřejmě vstupoval do Spojených států i od západu. Nová genetická analýza uvádí, že virus v těle pacienta WA2 (druhého ve státě Washington) pocházel z linie, která na americké území mohla vstoupit někdy mezi 7. a 19. únorem 2020, znovu přímo z Wu-chanu. Nositel mohl být někdo ze zhruba 40 tisíc lidí, převážně amerických občanů, kteří do USA přicestovali i po přerušení většiny letů ze Spojených států do Číny. Případně mohla být místem vstupu nákazy Kanada, konkrétně provincie Britská Kolumbie, i tam se podařilo postupně objevit virus velmi blízký tomu, který měl v těle pacient WA2.

Analýza samozřejmě nemusí být nutně pravdivá. Neposkytuje jistou odpověď, je jen pravděpodobností. Je například možné, že ve skutečnosti měl Trevor Bedford pravdu a ve skutečnosti se virus pacienta WA1 skrytě šířil celé týdny.

Podle autorů je ovšem pravděpodobnost takového vývoje událostí velmi malá, menší než jedno procento. A nevěří v něj už ani Bedford. Napsal to v dlouhém příspěvku na Twitteru, ve kterém komentuje a vysvětluje práci, jež jeho domněnku vyvrátila.

Uvádí, že na základě nové práce změnil názor a že jeho původní domněnka o tom, že virus se „neviditelně“ šířil od půlky ledna státem Washington, byla mylná. „Omlouvám se, že jsem vyvolal zmatek. I když si myslím, že jsem vzhledem k dostupným informacím postupoval správně“, zakončil vlákno na Twitteru.

Nutno ovšem dodat, že jím způsobený zmatek nebyl až tak veliký. Když na konci února svou analýzu zveřejnil, virus v USA podle všeho byl a šířil se. Zároveň to celé ovšem naznačuje, že virus rozhodně nebyl nezastavitelný. Zda však bylo skutečně jen otázkou času, než se nákaza rozšíří, nebo ji bylo doopravdy možné zastavit v počátku, na to rozbory genomu SARS-CoV-2 odpovědět nemohou.

Přechod na DVB-T2

Od 27. 11. probíhá postupný přechod na vysílací standard DVB-T2. Kvůli koronavirové pandemii vláda rozhodla o odložení zbývajících přechodů na vysílání DVB-T2. Diváci si tak musí pořídit televizi s podporou kódování H.265 (HEVC) nebo starší televizi doplnit vhodným set-top boxem.

  • Nejčtenější

Nejjasnější kometa za třináct let. Na obloze ji uvidíte i bez dalekohledu

Oficiálně se jmenuje C/2020 F3, ale má také civilnější pojmenování Neowise. Po dlouhé době je to tak jasná kometa, že...

Pořídí si Česko „neviditelné“ stíhačky? Problém je cena za hodinu letu

V roce 2027 končí pronájem stíhacích strojů Gripen. Jaká je možnost, že místo nich pořídíme „neviditelné“ stroje F-35?

Co nahradí gripeny? Ve hře jsou všichni kromě Číny a Ruska

Páteří české protivzdušné obrany jsou dnes letouny JAS 39 Gripen. Jejich pronájem končí v roce 2027, což vzhledem k...

Obří výpadek služeb T-Mobile způsobily dvě chyby v diskovém poli

Přesně před týdnem se T-Mobile potýkal s velkým výpadkem služeb. Nefungovala samoobsluha, aplikace, web, infolinka,...

{NADPIS reklamního článku dlouhý přes dva řádky}

{POPISEK reklamního článku, také dlouhý přes dva a možná dokonce až tři řádky, končící na tři tečky...}

České letectvo došlo od migů ke gripenům. Co bude po nich?

České letectvo se musí začít chystat na dobu „po gripenech“. O tom, jak by mohla vypadat, naznačuje něco i dohoda o...

Snažím se naučit mít jizvy po popálení ráda, říká Týnuš Třešničková

Premium Byl to okamžik. Vteřina, v níž ji ožehly plameny. Vlasy, krk, ruce, obličej... Ten krásný obličej, který ji živí. Jedna...

Největší slabiny ojetých dodávek. Přinášíme přehled nejporuchovějších vozů

Premium Dodávky byly stvořeny pro práci. Najedou mnohem více kilometrů než osobní auta, a to v náročných podmínkách. Ne všechna...

VELKÝ TEST ZOO: přehled cen, zvířat i atrakcí. Přijeďte, pomůžete!

Premium Mají otevřeno 365 dní v roce, ať praží slunce, nebo se žení čerti. Na několik týdnů je zavřel až koronavirus. Chcete...

  • Další z rubriky

STO OBJEVŮ: První krok na Měsíci udělal Armstrong za tónů Novosvětské

Seriál Jedno z největších technologických vzepětí lidstva bylo i úžasným dobrodružstvím a velikánským objevem. Hrdinou...

Mohli dinosauři sedět na vejcích? Velká část z nich zřejmě ne

Nový objev překvapivě ukazuje, že řada dinosaurů snášela vejce s měkkou skořápkou. To nám zase naznačuje leccos o...

STO OBJEVŮ: Hodiny studia, píle a sounáležitost vznesly Wrighty do nebe

Seriál Byli dva, rodáci z amerického Daytonu. Starší Wilbur a o čtyři roky mladší Orville: bratři Wrightové. Jako první...

INTERAKTIVNĚ: Jak si vedou státy USA v boji s koronavirem?

Průběh epidemie viru SARS-CoV-2 v USA nabral na začátku léta 2020 dosti nepříznivý průběh. Postiženy ovšem nejsou...

Víte, proč má smysl vybírat BIO potraviny?
Víte, proč má smysl vybírat BIO potraviny?

Skladba jídelníčku batolete je důležitější, než by se nám mohlo zdát. Právě v rané fázi života vznikají stravovací návyky, které budou dítě provázet do dospělosti.

Princ George je vztahovačný a drzý, tvrdí jeho kmotra

Šestiletý princ George se na oficiálních fotkách tváří jako andílek a britská královská rodina mu pečlivě buduje image...

Penis a ženský orgasmus. Dvacet centimetrů je optimální, říká studie

Na délce záleží a platí, že větší znamená lepší. Ovšem jen do jisté míry. Největší šanci na uspokojení ženy dává...

Výpovědi už se nevyhnete. Nový zákoník práce přinese i spravedlivější dovolenou

Premium Poslední velká novela zákoníku práce za uplynulých devět let začne z podstatné části platit od začátku příštího roku, v...

Maďarka tvrdí, že nemůže pracovat, protože je příliš sexy

Plastiky dvaadvacetiletou Barbie Barbaru Lunu Siposovou z Maďarska stály v přepočtu přes tři miliony korun. Nyní nemůže...

Úspěšný šéf Škody po pěti letech náhle končí, prohrál boj o moc

Mladoboleslavská Škoda Auto oznámila, že Bernhard Maier po téměř pěti letech v čele společnosti opustí k 31. červenci...