Podle představitelů Googlu vychází tato funkce Google Desktop 3 z předpokladu, že mnoho lidí používá více než jeden počítač (například své domácí PC a další stroj v práci). Proto chce nabídnout uživatelům možnost prohledávat obsah obou počítačů z jednoho místa. Jenže jak toho docílit? Soubory z obou přístrojů se zkrátka uchovávají na třetím počítači – v centrále Googlu. Po nainstalování Google Desktopu na dva počítače si program projde pevné disky a zaznamená všechny textové soubory (s příponami .doc a .txt). Jejich kopie potom pošle na server Googlu.
Ačkoli Google tvrdí, že soubory uchovává pouze po dobu třiceti dnů, organizace Electronic Frontiers Foundation (EFF), která se dlouhodobě zabývá dohledem nad dodržováním práva na internetu, se vyjádřil proti této vlastnosti programu. „Domníváme se, že představuje obrovské nebezpečí pro soukromí uživatele, který se rozhodne ji použít,“ řekl o funkci prohledávání více počítačů právník EFF Fred von Lohman.
Podle Googlu podstupuje uživatel kvůli pohodlnějšímu vyhledávání výměnu „něco za něco“. „Když chcete mít možnost prohledávat dva počítače z jednoho místa, musíte kvůli tomu něco obětovat,“ dalo by se zjednodušeně vysvětlit stanovisko vyhledávače. Fred von Lohman se na to dívá jinak: „Pokud si nedáte tu práci s pečlivým nastavením Google Desktop, začnete posílat do světa svoje daňová přiznání, zdravotní a finanční záznamy a všechny další textové soubory, které máte,“ říká.
