V roce 2006 policie zabavila na Fuentesově madridské klinice v rámci vyšetřování antidopingové kauzy zvané "Operación Puerto" krevní konzervy. Stopy prý vedly k tomu, že krev patřila více než 50 cyklistům včetně hvězd Němce Jana Ullricha a Itala Ivana Bassa, kteří následně nesměli startovat na Tour de France.
Dvojnásobný vítěz Giro d'Italia Basso má v únoru vypovídat před madridským soudem stejně jako slavný španělský jezdec Alberto Contador a také další dopingový hříšník Američan Tyler Hamilton.
Fuentes uvedl, že věděl o tom, že v osmi z 92 vaků s krví jsou nadměrné hodnoty erythropoetinu (EPO). Neměl s tím prý ale nic společného. "Nic se do nich nepřidávalo, jen konzervační látky. Tak malé množství (EPO) může mít jediné vysvětlení, že šlo o pozůstatky předchozí léčby," komentoval přítomnost zakázané látky.
Lidský hormon erythropoetin umožňuje tvorbu červených krvinek. Lze jej vyrobit uměle a při nitrožilním podání dochází ke zvýšení výkonnosti organismu, v kterém se začne tvořit více červených krvinek nesoucích kyslík, tedy energii. Ve sportu je zakázán od roku 1989.
Fuentes v úterý při prvním výslechu přiznal, že se nestaral jen o cyklisty, ale o sportovce z různých odvětví. Ve středu upozornil, že nevystavil žádného sportovce zdravotním rizikům.
"Nikdo mi nikdy neříkal o zdravotních potížích, nedostal jsem žádnou stížnost," řekl sedmapadesátiletý gynekolog, který v úterý odmítl odpovídat na otázky právních zástupců Mezinárodní cyklistické unie, španělské federace a Světové antidopingové agentury.
Fuentes je obviněn z provinění proti veřejnému zdraví, protože v roce 2006 ještě ve Španělsku neexistoval antidopingový zákon. Spolu s ním stojí před soudem další čtyři lidé.