Důležité je rovněž složení bakterií v našich střevech. Až v posledních letech věda zjišťuje, jak zásadní význam pro naše zdraví mají. „Jen v tlustém střevě máme asi půl kilogramu bakterií,“ zdůrazňuje docent Jaroslav Havlík z Katedry kvality a bezpečnosti potravin České zemědělské univerzity v Praze. „Je proto například vhodné omezit příjem masa, protože to je spojováno s produkcí prozánětlivých látek ve střevě.“
Pro zdravého člověka nemá bezlepková strava význam, naopak tito lidé obvykle přijímají méně vlákniny, než by bylo potřeba, chybí jim řada minerálů.