Podle Mojmíra Vlašína z brněnského ekologického institutu Veronica ochranu jihomoravských mokřadů komplikuje hlavně váhavý postoj ministerstva životního prostředí k rozšíření Chráněné krajinné oblasti Pálava. "V případě mokřadů dolního Podyjí a Lednicko-valtického areálu je to skutečně nedodržení Ramsarské úmluvy. Jsou to jediná území z vytypovaných ramsarských mokřadů, která nekryje patřičná legislativní ochrana. Protože však neexistují žádné sankce, nelze stát přinutit, aby svůj postoj změnil," vysvětlil ekolog. "Pokud se tyto problémy nestanou politickou záležitostí a lidé se o ně nezačnou více zajímat, stát úmluvu dodržovat nebude."
Na specifičnost jihomoravských mokřadů upozorňuje i tajemník Českého ramsarského výboru Josef Chytil. "Mokřady dolního Podyjí jsou nejbohatší lokalitou na území České republiky. Nové Mlýny jsou vzácnými hnízdišti a zimovišti mnoha živočichů a lokalitou zajímavých rostlin. Nádrže každopádně zůstanou jedním z největších zločinů na přírodě, který se u nás udál."
Ekologové protestují i proti projektu dopravního propojení Dunaje s Odrou a Labem, který by zlikvidoval zbytky říčních ekosystémů a zdevastoval životní prostředí údolních niv. "Na území Rakouska, Německa, Polska a Česka, kudy by kanál procházel, by bylo přímo i nepřímo zasaženo čtyři sta tisíc hektarů ekologicky cenných ploch," podotkl ekolog Jaroslav Ungerman.
V České republice je dva tisíce mokřadů o celkové rozloze čtyřicet tisíc hektarů. Deset lokalit z tohoto počtu patří mezi světově významné mokřadní biotopy. Jižní Morava se může pochlubit mokřady dolního Podyjí a národní přírodní rezervací Lednické rybníky.
