Minorité zřídili konventní a zelinářskou zahradu nedlouho po založení kláštera v roce 1350. Na vstupním nádvoří, kterému se říká Tramín, se nacházel hřbitov řeholníků upravený jako ovocný sad. V polovině 18. století postavili v konventní zahradě kuželnu, jejíž pavilon se dochoval do současnosti.
Od začátku 19. století se konventní zahrada pronajímala českokrumlovským měšťanům, po
1. světové válce minorité nechali zahradnicky upravit místo bývalého hřbitova na nádvoří Tramín.
V roce 1950 byli minorité z kláštera vyhnáni, areál začal pustnout a z bývalých klášterních zahrad se stala zahrádkářská kolonie. Po roce 2000 byly stavby kláštera v dezolátním stavu.
Město Český Krumlov si areál pronajalo od nového majitele, Rytířského řádu Křižovníků s červenou hvězdou, a začalo připravovat celkovou obnovu.
Ta byla vedena především snahou zpřístupnit zahrady veřejnosti a prezentovat bohatství staleté tradice zahradnického pěstování léčivých a užitkových rostlin, vinné révy, ovocných stromů a zeleniny – právě v ní totiž společně s mimořádným stářím spočívá hodnota zahrad.
V roce 2015 se klášterní zahrady po proměně otevřely veřejnosti a staly se nejen oblíbeným cílem návštěvníků, ale také místem setkávání obyvatel města. Sbírka rostlin v zahradě se využívá pro edukační programy.
Klášterní zahrady se staly oblíbeným cílem návštěvníků.
Na Tramínu jsou nyní vysázené dřeviny smutečního charakteru připomínající existenci hřbitova, cesty byly obnoveny v původním rozložení. Hlavní klášterní zahrada je terasovitě rozdělená a obsahuje část užitnou a okrasnou včetně vinic, chmelnice a zeleninových a barvířských záhonů.
Na jihovýchodním okraji stojí zrekonstruovaná část budovy kuželny. Součástí areálu je odpočinková zóna a bylinková zahrada s několika zachovanými původními vstupními brankami.
V místě bývalé kuchyňské zahrady se dochovala kamenná lourdská jeskyňka s výklenkem pro sošku Panny Marie, která je porostlá břečťanem. V sadu převažují ovocné dřeviny.
Zdařilé rekonstrukce jsou aktuálně k vidění na putovní výstavě Má vlast cestami proměn.
